Фамилия Исимбекова — женская форма от мужской Исимбеков. В её основе лежит составное тюркское имя Исимбек, которое образовано от двух корней. Первый — «исм» (фонетические варианты «исем», «исим») восходит к арабскому слову со значением «имя, звание». Второй компонент — «бек» — древнетюркский военный термин, который со временем стал антрополексемой и переводится как «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Соединившись, эти слова давали имя с пожеланием, чтобы мальчик стал уважаемым повелителем или начальником.

Фамилия образована по типичной для тюркских народов модели: к основе Исимбек прибавили русский патронимический суффикс -ов (в женском варианте — -ова). Такая модель закрепилась в XIX–XX веках, когда представители тюркских народов Российской империи получали фамилии по отцовскому имени через русские суффиксы. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Исимбековых можно лишь на основании генеалогических исследований, но географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены башкирские и татарские имена с компонентом «бек» — например, к Башкортостану и Татарстану.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий с корнем «бек», где первая часть часто указывает на конкретное качество или титул (например, Алибек — «великий бек»), здесь первая часть «исм» означает просто «имя». Это редкий случай, когда имя буквально означает «имя бека» или «имя господина», что могло быть не столько пожеланием, сколько констатацией статуса новорождённого — его нарекали по имени уважаемого предка или старшего родственника.