Фамилия Исинеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от тюркского имени или прозвища, что типично для восточных регионов России. Основа «Исин» может восходить к тюркскому слову со значением «здоровый», «крепкий» или к личному имени Исин, которое в прошлом было распространено у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала. Суффикс -еев указывает на притяжательную форму: Исинеев — буквально «сын Исинея» или «потомок Исинея». Важно, что фамилия заканчивается на -еев, а не на -ов. Это характерно для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -ий. Если бы исходное имя звучало как Исин, фамилия была бы Исинов, но здесь мы видим форму Исиней, от которой по правилам русского языка и возникло окончание -еев.

Вероятнее всего, первым носителем фамилии был человек по имени Исиней (или Исин) — возможно, уважаемый старейшина, отличавшийся здоровьем и силой. Поскольку фамилия не получила широкого распространения, её следует искать в локальных переписях и метрических книгах Оренбургской, Уфимской или Казанской губерний, где издавна жили тюркские народы. Встречается также вариант написания Исинеев с двумя «е» в середине, что может быть следствием диалектного произношения или ошибки писаря. В любом случае, фамилия несёт отпечаток степной культуры и указывает на крестьянское или казачье происхождение — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.