Фамилия Искибаева — женская форма, мужской вариант — Искибаев. Она образована по тюркской модели с аффиксом принадлежности -ев/-ов, который в русской среде закрепился как стандартный фамильный суффикс. Основа фамилии — личное имя Искибай, распространённое у башкир, татар, казахов и других тюркских народов.

Имя Искибай составное: первая часть «иски» (в тюркских языках — «старый», «древний», «прежний»), вторая — «бай» (богатый, хозяин, господин). В буквальном переводе — «старый бай» или «древний богач». Однако в ономастике такие имена часто не указывали на реальный возраст или богатство, а служили оберегом: считалось, что имя с корнем «иски» (старый) поможет ребёнку прожить долгую жизнь, как у старика. Это типичная тюркская практика — давать «защитные» имена, отталкивающие злые силы.

Географически фамилия Искибаева привязана к регионам проживания башкир и татар: в первую очередь — Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается и у казахов, но реже. Сословно носители такой фамилии относились в основном к крестьянам или казакам, реже — к мелким торговцам, так как имя не несло аристократического оттенка.

Редкость фамилии в том, что она сохранила архаичную форму имени с корнем «иски», который в современном тюркском языке чаще заменяется на «эске» (в татарском) или «ески» (в казахском). То есть Искибаева — живой свидетель старых диалектных или письменных норм, когда фиксация имени происходила по принципу «как слышу, так и пишу». Встречаются варианты написания: Эскибаева, Искебаева — это одна и та же фамилия в разных орфографических записях.