Фамилия Искизарова — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основа здесь — не русское прозвище и не крестильное имя, а тюркский топоним. Фамилия образована по русской модели: суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность («чей?»), и женское окончание -а. В мужском варианте — Искизаров.

Самый прямой путь к значению лежит через слово «искизар» или близкие к нему формы в тюркских языках. В казахском и башкирском есть топоним Искизар — название речки или урочища. Человек, получивший фамилию Искизаров, скорее всего, происходил из местности с таким названием либо был записан по месту жительства: «Искизарский» со временем сократилось до «Искизаров». Модель типична для южноуральских и зауральских фамилий, где русские суффиксы накладывались на местные названия.

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени Искизар. В тюркской антропонимике «ис» может означать «след», «запах», а «кизар» — производное от «кызыр» (святой, покровитель). Тогда имя могло быть дано как пожелание или обет, но без письменных источников это лишь догадка. Спор решается в пользу топонима: фамилии от географических названий в этой среде встречаются чаще, чем от редких составных имён.

Фамилия не входит в списки столбового дворянства и не встречается в старых переписных книгах центральных губерний. Её ареал — Оренбуржье, Башкортостан, север Казахстана. Носители — потомки крестьян, казаков или служилых людей, осевших на границе степей. Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что предок был мужчиной, а не на отчество от женского имени, что тоже согласуется с патриархальным укладом переселенцев.

В написании возможна вариация через «е» — Ескизарова, но это скорее результат упрощения на слух. Корень «иски-» (старый, древний) в тюркских языках указывает на «старое русло» или «старое поселение», что дополнительно подтверждает связь с местностью, а не с личным качеством.