Фамилия Искварина — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует осторожности. В ней нет привычного набора суффиксов, как в массовых фамилиях на -ов или -ин. Основа «Исквар-» не встречается в современных русских словарях, что указывает на её диалектное или иноязычное происхождение.

Скорее всего, фамилия восходит к прозвищу или личному имени, которое трансформировалось под влиянием местного говора. Наиболее правдоподобная версия — связь со словом «исквара» или «искварить», которое в южнорусских и украинских говорах означало «выжигать», «испепелять» или «сильно пачкать». Прозвище Исквара могли дать человеку с резким, «жгучим» характером или тому, кто занимался выжиганием угля, выпечкой в печи. Суффикс -ин (-ина) указывает на принадлежность: «чей?» — Искварин, то есть сын или потомок Исквары. Форма Искварина — это женский вариант или исходная форма фамилии в родительном падеже (как «дочь Исквариного»).

Менее вероятно, но не исключено, что основа происходит от тюркского корня «искан» (искать) или «искер» (древний), но в таком случае фамилия должна была бы сохранить более ясную огласовку. Также нельзя сбрасывать со счетов вариант, что Искварина — это русифицированная форма финно-угорской фамилии, где «иск» означает «вода», а «вар» — «гора», но это спекулятивное построение без документальных подтверждений.

Географически фамилия привязана к зоне распространения южнорусских и украинских говоров — Курская, Воронежская, Белгородская области, а также восток Украины. Там же встречаются однокоренные фамилии Исква, Искваров, Исквар. В дореволюционных источниках Искварины фиксировались как крестьяне и мещане, что типично для прозвищных фамилий. Сословного взлёта у этой фамилии не было: её носители не оставили следов в дворянских родословных книгах.

Таким образом, фамилия Искварина — это редкий пример, когда прозвище, данное по действию или качеству, закрепилось за родом и сохранилось в неизменном виде. Её носители — потомки людей, которых в своём кругу называли Исквара, и это имя, скорее всего, несло оттенок силы или резкости.