Фамилия Исмикеева — редкая, её корни ведут в тюркскую языковую среду, скорее всего, в башкирскую или татарскую. Основа «Исмике» — это, вероятно, диалектный вариант арабского имени Исмагил (Исмаил), которое через тюркское посредничество вошло в обиход многих народов Поволжья и Урала. В башкирском языке имя «Исмагил» могло в просторечии редуцироваться до «Исмикей» — ласковой или обиходной формы.

Суффикс «-ев» (а в женском варианте «-ева») указывает на принадлежность: Исмикеев — значит «сын (или потомок) Исмикея». Типичная русская модель, которая закрепилась за тюркскими фамилиями после крещения или при переходе в русское подданство. Мужская форма фамилии — Исмикеев.

Географически фамилия тяготеет к районам современного Башкортостана, Оренбургской и Челябинской областей. Встречается она редко и в основном среди башкир и татар. Само имя-основа «Исмикей» могло быть не только личным именем, но и прозвищем — например, так могли назвать человека, который часто поминал Исмаила или был его тёзкой в узком кругу.

Обращает на себя внимание необычная фонетика: стечение «сми» в начале корня для русской речи нетипично, что выдает иноязычное происхождение. При этом фамилия не получила «обрусевшего» варианта вроде «Исмаилов» — она сохранила местную, диалектную форму. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были рядовыми общинниками, крестьянами или воинами-казаками, а не знатью: фамилии на «-ев» от полных арабских имен чаще встречались у простого населения, тогда как знатные татарские мурзы нередко носили фамилии на «-ин» или вовсе без суффикса.