Фамилия Испудинова — женская форма фамилии Испудинов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Испуда. Основа здесь — древнерусское слово «испуда», которое означало «исподний, нижний», то есть то, что находится снизу, под чем-то. В прямом смысле так могли назвать человека невысокого роста, скромного или занимающего подчинённое положение. Однако в диалектах слово «испуда» имело и другое значение — «исподнее платье, нижняя одежда», так что прозвище могло относиться к портному, который шил бельё, или к человеку, носившему неброскую, скромную одежду.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Испудин, то есть сын или потомок Испуды. Такая модель типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены. Окончание -ова в женском варианте — стандартное указание на супругу или дочь Испудинова.

Встречается версия, связывающая основу с тюркским корнем, например, с татарским «испу» (спокойствие, здоровье) или с именем Испулат. Однако она менее убедительна: фонетика и семантика русского «испуда» ложится точнее, к тому же фамилия фиксируется в старых переписях именно в русскоязычных областях, а не в татарской среде.

Фамилия редкая, и её география неширока. По данным открытых архивов, носители Испудиновых встречаются в основном в Поволжье — в Нижегородской, Кировской областях и в республике Марий Эл. Это косвенно подтверждает версию о русском корне: именно в этих краях бытовали говоры, где «испуда» употреблялось в значении «исподний, нижний». Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия не несёт признаков дворянского или духовного происхождения.