Фамилия Исшмухаметова — один из тех редких случаев, когда написание сразу бросается в глаза. Первое, что замечаешь, — начальное «Исш-». В русском языке такое сочетание согласных на стыке приставки и корня почти не встречается, и это верный признак того, что фамилия прошла через сложные фонетические процессы. В основе лежит арабское имя Мухаммад (прославленный), а первая часть, скорее всего, восходит к тюркскому «иш» — «дело, работа, занятие». В таком случае Исшмухаметова можно расшифровать как «дело Мухаммеда» или «работник Мухаммеда» — прозвище, которое давали человеку, служившему при мечети, помогавшему мулле или занимавшемуся религиозным образованием.

Однако форма «Исш-» необычна. В башкирском и татарском языках, откуда, вероятнее всего, происходит фамилия, часто встречаются варианты «Ишмухаметов» (где «иш» — «товарищ, спутник»). Появление двойной «с» может быть результатом позднейшего слияния: в устной речи «Ис Мухамет» (где «Ис» — искажённое «ислам» или «иса») могло записаться как «Исшмухамет». В любом случае, перед нами фамилия-композит, где вторая часть — имя пророка, а первая — указание на отношение к нему.

Географически фамилия Исшмухаметова тяготеет к Башкортостану и соседним регионам Урала. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: возможно, предок носителя был известен в своей деревне как «тот самый Исшмухамет» — и прозвище закрепилось за потомками без изменений. Суффикс «-ова» указывает на принадлежность к роду (буквально «дочь/жена Исшмухамета»), поэтому женская форма фамилии не отличается от мужской по смыслу.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия не получила стандартного русского суффикса «-ов» (который обычно добавляют к именам на согласный). Вместо этого она сохранила почти полное звучание исходного прозвища. Это нехарактерно для русских фамилий и говорит о том, что закрепилась она в среде, где русская административная машина не переделывала имя под свои шаблоны, а записала его на слух, как услышала.