Фамилия Ишмухамедова — одна из тех, что построена по восточной модели: в её основе лежит сложное мужское имя Ишмухамед, собранное из двух смысловых блоков. Первая часть, Иш, восходит к древнетюркско-татарским корням и несёт несколько значений: «четный, парный», «товарищ, друг, помощник», «ровня» или «народ, семья». В именах этот компонент часто указывал на младшего ребёнка — как на «добавку», «прибавление» к семье. Вторая часть — Мухамед — арабское имя, означающее «восхваляемый, прославляемый». Оно дало множество диалектных вариантов: Мухамет, Махмут, Ахмет, Хамит, Мухамай, Мамай, Мамет и другие.

Соединяясь, эти части образуют имя, которое можно истолковать как «ровня пророку Мухаммеду» или «друг пророка Мухаммеда». Суффикс -ова указывает на принадлежность: фамилия буквально значит «дочь (или жена) Ишмухамеда». Форма на -ова — женская, мужской вариант будет Ишмухамедов.

Формирование таких фамилий у тюркских и мусульманских народов шло постепенно, и точно определить, когда и где именно появился род Ишмухамедовых, можно только по генеалогическим записям. Однако ясно, что фамилия не случайна: имя Ишмухамед давали в семьях, где хотели подчеркнуть не только религиозное почитание, но и связь между поколениями — через значение «добавка» для младшего сына.