Фамилия Истенваркугян — редкий пример фамилии, в которой переплелись разные языковые традиции. Она образована от сложного армянского личного имени или прозвища. Первая часть, «Истен», восходит, скорее всего, к персидскому «истан» — «страна, область» (ср. Гюлистан, Дагестан). Вторая часть — «варк» — может быть связана с армянским «варк» (վարք) — «поведение, нрав, образ жизни». Таким образом, исходное прозвище могло означать «тот, у кого нрав (поведение) страны» или, в переносном смысле, «человек, живущий по обычаям своей земли». Суффикс «-ян» — типичный армянский патронимический суффикс (как русские -ов/-ев), указывающий на принадлежность к роду: «из рода Истенваркугов». Фамилия могла возникнуть в среде армян, долгое время живших в Персии или в регионах с сильным персидским влиянием (например, в Нагорном Карабахе или в Джульфе). Со временем прозвище, описывающее характер или социальное положение, закрепилось за потомками. Встречается фамилия крайне редко, в основном у армянских семей, сохранивших память о сложном составном прозвище предка.