Фамилия Истохоров — один из тех случаев, когда корень слова сразу вызывает вопросы. В ней нет очевидного «Истор» или «Истох», которые легко объяснить через географическое название или профессию. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ов, самый распространённый в русских фамилиях, указывающий на принадлежность: «чей?» — Истохоров, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Истохор.

Самая вероятная версия происхождения основы — от прозвища Истохор, которое могло сложиться из двух частей: «ис-» (вариант приставки «из-», означающей исход или происхождение) и «тохор» (или «тохорь»). В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, словом «тохор» или «тохорь» называли человека, который тоскует, томится, ходит с кислым видом, а также — неповоротливого, медлительного. Глагол «тохориться» означал «грустить, хандрить, быть не в духе». Таким образом, Истохор — это «исходящий тоской», «вечно унылый» или, в более бытовом смысле, «тот, кто постоянно ноет». Прозвища по характеру давали часто, и они закреплялись за родом, если человек был заметен своей особенностью.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «истоха» (или «истохать»), которое в некоторых областях означало «изнурять себя работой», «надрываться». В этом случае Истохоров — потомок человека, который «истохался», то есть работал до изнеможения. Однако фонетически форма «Истохор» лучше выводится из «тохориться», чем из «истохать».

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в центральной или северной России (для южных регионов типичнее было бы окончание -енко или -ук). Скорее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или посадским человеком, а не дворянином — прозвища редко давали знати, у которой были родовые имена. В дореволюционных списках и переписях фамилия не встречается среди известных родов, что подтверждает её «народное», прозвищное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными, то напрашивается фамилия Тохоров (от того же «тохорь») — она встречается чаще и понятнее. Истохоров же — вариант с приставкой, которая усилила значение: не просто «тоскливый», а «предельно тоскливый». В ономастике такие образования редки, и это делает фамилию отличительной чертой рода, который когда-то выделили из среды острым словцом.