Фамилия Истахоров ведет свое начало от еврейского мужского имени Истахар, которое упомянуто в Библии. По преданию, это имя носил один из двенадцати сыновей Якова-Израиля, так же называлось одно из двенадцати еврейских колен. Кроме того, следует отметить, что Истахар — это средневековое название города Персеполь, поздней столицы Персии, увеличенной и украшенной Дарием I и Ксерксом. Город лежал недалеко от соединения рек Меда и Аракса, на большой и плодородной равнине, и славился своим акрополем, тройной стеной, дворцом, царской усыпальницей и сокровищницей. При Александре Великом город был разграблен и разорен, но дальнейшее существование его подтверждается свидетельствами писателей. В средние века он служил резиденцией магометанских халифов. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Истахоровых родился в этих местах. Чередование гласных а/о обусловлено историческими изменениями в языке.