Фамилия Истахаров — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, в первую очередь с татарским или башкирским. Основа фамилии — мужское имя Истахар (варианты: Истихар, Истахыр). В тюркской ономастике это имя восходит к арабскому слову «истихара» — «испрашивание блага», «молитва о наставлении на правильный путь». В исламской традиции истихара — это особая молитва, которую читают, когда стоят перед трудным выбором. Таким образом, имя Истахар могли дать мальчику, родившемуся после долгих колебаний или в знак надежды на то, что его жизненный путь будет благословенным.

Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов. То есть Истахаров — это «сын Истахара». Такая модель характерна для фамилий, которые возникли в среде крещёных татар или башкир, а также у народов Поволжья, попавших в зону русского административного и церковного влияния. В метрических книгах или ревизских сказках XIX века предок носителя фамилии мог быть записан просто как Истахар, а его дети уже получали фамилию Истахаровы.

Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у представителей казахского народа, где имя Ыстахар (Истахар) также известно, но фамилия оформляется обычно без русского суффикса — Ыстахаров. Важно не путать её с фамилией Истахов, которая может иметь иное происхождение — от греческого имени Стахий или от прозвища.

В дореволюционной России носители фамилии относились в основном к податным сословиям: государственным крестьянам, мещанам, ремесленникам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Поскольку корень имени — религиозный, можно предположить, что в роду были люди, известные своей набожностью или знанием исламских обрядов. Впрочем, со временем имя превратилось в фамилию, и первоначальный смысл стёрся, оставив лишь родовой знак.