Фамилия Истафорова — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначному толкованию в рамках славянской ономастики. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое пришло в русский язык через тюркское или иранское посредничество. В русских говорах и документах слово «истафор» не зафиксировано, что указывает на его заимствованный характер. Наиболее вероятная версия связывает основу с арабским именем Мустафа (избранный, чистый), которое в тюркской среде могло звучать как «Истафа» или «Стафур». В таком случае фамилия Истафоров (а Истафорова — её женская форма) означает «потомок Истафы» или «принадлежащий человеку по имени Истафор». Усечение начального «му» — частое явление при адаптации мусульманских имён в славянской среде (сравните: Мурат — Ратов, Мустай — Стаев).

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель, которая закрепилась за фамилией в XV–XVII веках, когда выходцы из Золотой Орды, Казанского и Астраханского ханств массово переходили на службу к московским князьям и получали русские фамилии по отцу. В таком контексте предок носительницы фамилии мог быть татарином, башкиром или представителем другого тюркоязычного народа, принявшим православие, либо его потомком, уже обрусевшим. Альтернативная, но менее обоснованная версия выводит основу из греческого «истофор» (носитель истории, летописец) — но это слово не встречается в русских источниках как прозвище, а сама фамилия не характерна для регионов греческого влияния (Приазовье, Крым).

Географически фамилия Истафорова встречается крайне редко, преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — зонах активного смешения славянского и тюркского населения. Поскольку фамилия не попала в массовые реестры дворянства или купечества, её носители, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию. В написании возможна вариация через «ф» или «в» (Иставорова), но форма с «ф» более устойчива — она точнее передаёт исходный звук в тюркском произношении.