Фамилия Истюшина образована от мужского имени Истюша, которое представляет собой просторечную форму крестильного имени Иустин (от латинского justus — «справедливый»). В русской народной традиции такие сокращения были обычны: Иустин превращался сначала в Устина, а затем в диалектное Истя или Истюша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Истюшина буквально означала «жена Истюши» или, чаще, «дочь Истюши». Со временем фамилия закрепилась за потомками этого человека уже как наследственная.

Основа фамилии редкая. В отличие от распространённых Устиновых, форма Истюша встречается в основном в говорах южнорусских областей — в Курской, Орловской, Воронежской губерниях. Там имя Иустин в быту звучало как Истя, Истюха, Истюша. Географическая привязка узкая: если искать корни Истюшиных, вероятнее всего они из чернозёмной полосы России, где крестьянские фамилии на -ин активно формировались в XVII–XVIII веках.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Истюша от глагола «истеть» (в диалектах — «изнывать, томиться»). В этом случае прозвище мог получить медлительный или болезненный человек. Однако ономастические справочники (в частности, работы Б. Унбегауна) склоняются к тому, что большинство фамилий на -ин с основой на -юша происходят от уменьшительных форм имён, а не от прозвищ.

Фамилия Истюшина — женская форма, мужской вариант — Истюшин. Она относится к типично русским фамилиям-притяжательным прилагательным, которые составляют ядро русского фамильного фонда. Из-за редкости основы носители фамилии, скорее всего, связаны общим предком, жившим не позднее начала XVIII века в одном из южнорусских уездов.