Фамилия Исяев образована по стандартной русской модели отчества с суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В основе лежит мужское личное имя Исяй, которое в свою очередь представляет собой просторечную, бытовую форму церковного имени Исайя.

Исайя — древнееврейское библейское имя, означающее «спасение Господне» или «Яхве спасает». В русской народной среде это имя нередко сокращали и адаптировали, превращая в более короткое и удобное для повседневного обихода Исяй. От него и пошла фамилия, буквально означающая «сын Исяя» или «потомок Исяя».

Интересно, что, в отличие от многих фамилий, образованных от полных церковных форм, Исяев несёт на себе отпечаток именно живой разговорной традиции. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, в среде которых такие сокращённые имена были особенно распространены. Документально фамилия фиксируется в различных регионах, но чаще встречается в Поволжье и на юге России, где были сильны старообрядческие общины, сохранявшие архаичные именные формы.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Исаев, Исаков или Исаичев показывает, что Исяев стоит несколько особняком. Если Исаев восходит напрямую к имени Исай, то Исяев — к его уменьшительной версии, что делает фамилию более редкой и указывает на более тесную, бытовую связь с именем предка. Других убедительных версий происхождения, например от тюркских корней, для этой фамилии не существует — основа здесь однозначно славянская, производная от христианского имени.