Фамилия Исянбаева — женская форма фамилии Исянбаев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужскую основу. Она образована от восточного составного имени Исянбай, в котором соединились два корня. Первый, «исян», на русский язык переводится как «живой», «здоровый» или «невредимый». Второй компонент — «бай», означает «хозяин», «господин», «богатый и могущественный человек». В тюркских языках этот элемент был не просто частью имени, а социальным маркером: «баями» называли состоятельных людей, владельцев скота или земли.

Имена с компонентом «бай» (например, Ахметбай, Уразбай, Туйбай) были широко распространены у башкир, татар, казахов и других народов региона. Родители, называя сына Исянбаем, закладывали в имя пожелание: чтобы ребёнок вырос здоровым и ни в чём не знал нужды, чтобы его жизнь была благополучной и он сам стал уважаемым человеком. В такой модели имя служило оберегом и программой на будущее.

Словообразовательная модель фамилии типична для русской традиции адаптации тюркских имён: к основе Исянбай добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Получилось Исянбаев — буквально «сын Исянбая». А женская форма Исянбаева — это уже «дочь» или «жена Исянбаева».

Географически фамилия чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области — то есть в зоне расселения башкир и татар, где такие двухосновные имена были в ходу. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии могли записываться как крестьяне, мещане или торговцы, но сословная принадлежность сильно варьировалась в зависимости от конкретного рода.

Отдельно стоит сказать, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Ися́нбаева. Встречающееся иногда произношение с ударением на последний слог — результат влияния разговорной речи или местных диалектов, но не исторической нормы.