Фамилия Исянгужин — редкий пример тюрко-башкирского антропонима, который почти не встречается за пределами Башкортостана и соседних регионов. Её основа — сложное имя Исянгужа, и чтобы понять значение, нужно разобрать его по частям.

Первая часть, «Исян», восходит к тюркскому «исэн» — «здоровый», «невредимый» или «благополучный». В башкирской и татарской ономастике этот корень часто входил в состав имён-пожеланий: родители желали ребёнку долгой и благополучной жизни. Вторая часть, «гужа», — это искажённое «хужа» (от персидского «хваджа»), что означает «господин», «хозяин» или «купец». В тюркских языках это слово также закрепилось как «ходжа» — титул для духовных лиц или богатых людей.

Таким образом, имя Исянгужа буквально значило «здоровый господин» или «благополучный хозяин». Это было составное антропонимическое имя, типичное для башкир в XVIII–XIX веках, когда в именах стали соединять пожелательный корень с социальным или религиозным статусом. Суффикс «-ин» в фамилии — русский патронимический показатель, добавленный при оформлении фамилий в документах. По модели «Исянгужа + ин» получилось «Исянгужин» — «сын Исянгужи».

Географически фамилия привязана к южным и центральным районам Башкортостана, особенно к Зианчуринскому и Кугарчинскому районам. Встречается она и у оренбургских башкир. Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, относились к башкирским вотчинникам, то есть коренным жителям, владевшим землёй на правах общины, или к служилым башкирам, которые несли военную службу за земельные наделы. Возможно, среди них были и муллы — благодаря компоненту «ходжа» в основе имени.

Однокоренные фамилии в регионе — Исянгулов, Исянгильдин, Исянбаев — все с корнем «исэн» и разными вторыми частями. Исянгужин выделяется тем, что вторая часть указывает не на родство или черту характера, а на социальное положение, что встречается реже. В русском языке фамилия сохранила башкирское произношение с мягким «ж», что для уха носителя русского языка звучит необычно, но для башкирского — естественно.