Фамилия Итенкены — редкая и неочевидная для русского уха. Её форма сразу выдаёт нерусское происхождение: окончание на -ы нехарактерно для исконных русских фамилий (кроме северных вариантов на -их/-ых), а основа Итенкен не имеет славянских корней. Скорее всего, перед нами русифицированный вариант фамилии из тюркских или финно-угорских языков, где -ы может быть показателем множественного числа или притяжательности.

Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского имени или прозвища Итенкен. В тюркских языках (например, в казахском, татарском или башкирском) основа «ит» означает «собака», а «кен» — суффикс, часто образующий уменьшительные или ласкательные формы. Итенкен могло быть прозвищем со значением «собачка» или «щенок» — не обязательно обидным, скорее по-домашнему прозвищем, которое давали человеку за верность, ловкость или внешность. В тюркской ономастике прозвища от названий животных обычны и не несут резко негативного оттенка.

Менее правдоподобная, но возможная версия — связь с финно-угорскими языками (коми, удмуртский или марийский). В них «ит» может быть корнем со значением «маленький» или «детёныш», а «кен» — суффиксом принадлежности. Однако без точного диалектного анализа это остаётся гипотезой.

Судя по окончанию -ы, фамилия могла закрепиться в русской среде через форму родительного падежа множественного числа: «из рода Итенкенов» — «Итенкены». Такая модель встречается у фамилий, образованных от прозвищ на -енко или -ка, но здесь она приложена к чужой основе. Географически носители фамилии Итенкены могут быть связаны с Поволжьем, Уралом или Сибирью — регионами, где веками соседствовали русские, тюрки и финно-угры.

Словообразовательная модель проста: корень Итенкен (личное прозвище) + окончание -ы (русифицированный показатель фамилии). Суффиксов -ов, -ин или -ский нет — это указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах, когда её записали по звучанию, не переделывая на русский лад. Сословная принадлежность предков неясна: такая фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и казакам или служилым людям из инородцев.