Фамилия Иванекина — женская форма, а мужская, Иванекин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от личного имени через притяжательный суффикс -ин. В основе лежит имя Иван, точнее, его просторечная или диалектная форма Иванека. Суффикс -ек- (-к-) здесь не уменьшительно-ласкательный в современном смысле, а скорее обиходный, разговорный вариант, характерный для северных и центральных регионов России. Такие формы, как Иванек, Иванека, встречались в писцовых книгах и бытовой речи XVI–XVII веков: так могли называть человека в семье или в общине, не меняя самого имени, а лишь приспосабливая его к интонации повседневного общения.

Словообразовательная цепочка проста: Иван → Иванека (разговорная форма) → Иванекин (чей? — сын или потомок Иванеки). Фамилия фиксирует прямое родство: «Иванекин» буквально означает «принадлежащий Иванеке», то есть потомок человека по имени или прозвищу Иванека. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных форм (Иванов), вариант на -ин указывает на основу, оканчивающуюся на -а или -я, что и произошло с формой Иванека.

Географически фамилия Иванекин (и, соответственно, Иванекина) не относится к числу широко распространённых. Она тяготеет к регионам, где были сильны традиции бытования «окающих» говоров и где имя Иван в уменьшительных формах давало много производных — например, к Вологодской, Архангельской, Костромской областям. Встречается также на Урале и в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами из северных губерний.

Интересно, что параллельно существовала и фамилия Иванеков — от формы Иванек с другим окончанием, но она встречается реже. Иванекина же, как и многие фамилии на -ин, могла изначально принадлежать крестьянам или посадским людям: в среде духовенства и дворянства такие «простые» формы были менее типичны. Никаких документальных сведений о конкретных известных носителях фамилии в открытых источниках не зафиксировано, что лишь подчёркивает её локальный, «домашний» характер: она не вышла за пределы своего круга и сохранила прямую связь с именем предка.