Фамилия Иванекин — яркий пример того, как один и тот же корень может дать десятки разных фамилий, различающихся лишь суффиксом. В основе лежит крестильное имя Иван, которое на Руси было самым распространённым. Но если Иванов, Иванин, Иванков, Иванищев встречаются на каждом шагу, то Иванекин — форма редкая и локальная.

Ключ к пониманию — суффикс -екин. В русской антропонимии он чаще встречается в прозвищах и фамилиях, образованных от уменьшительных форм имени, оканчивающихся на -ека. Имя Иванека — это ласкательный или, возможно, пренебрежительный вариант от Иван (ср. Ванька — Ванека, Петька — Петека). Такие формы были типичны для северных и северо-восточных говоров, особенно в Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях. Таким образом, Иванекин буквально означает «чей-то сын» или «потомок Иванеки».

Могла быть и другая, чисто бытовая, версия происхождения. В некоторых говорах слово «иванека» или «иванек» могло быть прозвищем человека, который часто поминал Ивана всуе, или же относилось к нерасторопному, простоватому человеку — по ассоциации с образом Иванушки-дурачка. В таком случае фамилия фиксирует не имя, а прозвище, данное по характеру.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто носили крестьяне и мещане, и на -ский, свойственных дворянству и духовенству, фамилии на -ин и -екин в массе своей были крестьянскими. Иванекины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами Русского Севера. География фамилии подтверждает это: наиболее ранние упоминания встречаются в переписных книгах Вятской и Пермской губерний. В центральных областях России эта фамилия практически не встречается, что делает её хорошим маркером северного происхождения рода.