Фамилия Ивануненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в этом случае осложнена дополнительным суффиксом -ун-. Если разобрать цепочку, получается: имя Иван → производная форма Иванун (ласкательное или уменьшительное с суффиксом -ун) → Ивануненко. Буквально: «сын Ивануна», то есть потомок человека, которого в быту звали ласково или шутливо Иванун.

Суффикс -ун в украинской и русской антропонимии многозначен. Он мог придавать имени оттенок ласкательности (как, скажем, «батько» → «батькун»), но нередко использовался и для образования прозвищ по характерному признаку или действию. В случае с Ивануном скорее всего имеем дело с уменьшительно-ласкательной формой, хотя не исключено, что так могли прозвать человека за какую-то привычку или особенность, связанную с именем Иван (например, «иванун» — тот, кто часто поминает Ивана или похож на него повадками).

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где модель на -енко доминировала, а суффикс -ун встречается в народных говорах чаще, чем на западе. В России Ивануненко — редкая фамилия, её носители — почти наверняка потомки переселенцев с Украины, которые сохранили исходную форму без русификации.

Стоит отличать Ивануненко от похожих фамилий: Иванущенко (с суффиксом -ущ-) и Иванушко (с окончанием -ко). Первая образована от формы Иванушка, вторая — от Ивануш, что даёт несколько иной оттенок прозвища. Ивануненко же стоит особняком именно благодаря редкому суффиксу -ун, который не так часто встречается в фамилиях на -енко, что делает эту фамилию не самой типичной, но вполне прозрачной по происхождению.

Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казацким: в среде украинского села фамилии на -енко в XVII–XVIII веках закреплялись в первую очередь за простыми людьми, а не за шляхтой. Никаких указаний на дворянское происхождение у Ивануненко нет.