Фамилия Июшечкина — редкий пример, где женская форма закрепилась в словарях и встречается чаще, чем мужская. Мужской вариант — Июшечкин. В основе фамилии лежит имя или прозвище Июшечка. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Иуда. В русской народной среде имя Иуда, из-за евангельского предателя, почти не использовалось, но в некоторых регионах, особенно среди старообрядцев, оно бытовало в переосмысленной форме. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Ию́шечкина.

Модель образования проста: суффикс -ин- указывает на принадлежность («чей?»). Июшечкин — буквально «сын Июшечки» или «муж Июшечки». Суффикс -ечк- в основе — типичный для русских ласкательных форм (ср. Ванечка, Манечка). Таким образом, фамилия образована от домашнего, внутрисемейного прозвища, которое давали ребенку, чтобы смягчить неблагозвучное каноническое имя. Это не ремесленная и не географическая фамилия, а чисто патронимическая, возникшая в крестьянской или мещанской среде не позднее XVIII–XIX веков.

Спорным моментом может быть версия о происхождении от редкого финно-угорского или тюркского корня. Однако словообразовательное гнездо (Иуда — Июшка — Июшечка) прозрачно и не требует привлечения иноязычных гипотез. В словарях русских фамилий (например, в работах Б. Унбегауна) подобные случаи описаны: форма Иудин, Июдин встречается, а Июшечкин — её более редкий, уменьшительный вариант.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северным областям России, где старообрядческие общины дольше сохраняли архаичные имена. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов. Написание с «ё» (Июшёчкина) — ошибка, так как этимологически там «е» от суффикса -ечк-.