Фамилия Избенко — один из примеров, когда в основе лежит не имя, а бытовое прозвище, привязанное к дому и хозяйству. Корень здесь — «изба», старинное название жилого сруба, характерного для сельской местности и городов вплоть до XVIII века. Суффикс «-енко» в этой фамилии работает по стандартной восточнославянской модели: он означает «маленький» или «потомок». То есть Избенко — это буквально «сын Избы» или «потомок того, кого звали Изба».

Прозвище Изба могли дать по разным причинам. Самая прямая версия — человек занимался строительством изб, был плотником или мастером-срубщиком. Но не менее вероятно, что прозвище отражало внешнюю примету: изба этого человека заметно выделялась среди соседских — размером, добротностью, необычной резьбой или орнаментом. В сельской общине, где дома часто строили по одному образцу, такое отличие сразу бросалось в глаза и закреплялось за хозяином как устойчивое именование.

Фамилия Избенко — украинская или южнорусская по происхождению, поскольку суффикс «-енко» типичен для фамилий, сформировавшихся на землях современной Украины и прилегающих областях России. В северных и центральных русских регионах ту же основу чаще оформляли суффиксами «-ов» или «-ин» — отсюда возникли бы фамилии Избов или Избин.

Другие версии, связывающие прозвище Изба с переносным значением (например, «домосед» или «человек, который редко выходит из избы»), выглядят менее убедительными. В ономастике, в частности в работах Б. Унбегауна, прозвища от названий построек обычно указывают на ремесло или на владельца примечательного строения, а не на черты характера. Так и здесь: основание фамилии Избенко — конкретная, зримая примета, будь то профессия строителя или необычный дом предка.