Фамилия Изегенова — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает любые другие версии. Основа «Изеген» — это искажённое или диалектное название реки Ишим. В тюркских языках, особенно в казахском и татарском, звук «ш» в некоторых говорах переходит в «з», а «им» — в «ин» или «ен». Таким образом, «Изеген» — это «Ишим» в местном произношении. Фамилия, скорее всего, образована от прозвища человека, жившего на этой реке или переселившегося с её берегов.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на русскую модель оформления фамилии, характерную для народов, долгое время живших в составе Российской империи. То есть перед нами не исконно русская фамилия, а адаптированная: тюркское географическое имя получило русское фамильное окончание. Это типично для казахов, татар, башкир и других народов, у которых при записи в метрики или ревизские сказки к личному имени или прозвищу добавляли «-ов» или «-ев».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем Изз (честь, могущество) с добавлением тюркского суффикса «-ген», означающего «рождённый» или «ставший». Тогда Изеген могло бы означать «рождённый для чести». Однако эта версия слабее: в реальной ономастике фамилии, производные от рек, встречаются гораздо чаще, чем поэтические конструкции с суффиксом «-ген», который в фамилиях почти не фиксируется.

Фамилия Изегенова — почти наверняка женская форма. Мужской вариант — Изегенов. Носительницы этой фамилии, скорее всего, происходят из северных областей Казахстана или южных районов Западной Сибири, где протекает Ишим и где исторически смешивались тюркское и славянское население. Сословно предки могли быть как кочевниками-скотоводами, так и оседлыми крестьянами, получившими фамилию при административном учёте в XIX веке.