Фамилия Изубенко звучит непривычно и даже немного загадочно, но её разгадка лежит на поверхности, если знать особенности украинской ономастики. Это характерный пример фамилии, образованной не от имени или профессии, а от прозвища, причём прозвища с «отрицательным» оттенком.

Основа фамилии — прозвище Изуб или Изуба. В его основе лежит глагол «зубить» (в украинском языке — «бити, товкти»), а приставка «из-» (или «ис-») усиливает действие. Таким образом, «изубить» означает «сильно избить, поколотить, разбить в кровь». Прозвище Изуб могли дать человеку с побитым лицом, со следами побоев, либо, что встречается реже, задире и драчуну, который сам «изубивал» других. Первая версия правдоподобнее: в народе меткие прозвища часто давали по внешним приметам.

Суффикс «-енко» — классический украинский патронимический (указывающий на потомка) формант, распространённый в Левобережной и Степной Украине. Он означает «маленький», «сын» или «потомок». Следовательно, Изубенко — это буквально «сын Изуба». Фамилия закрепилась в тех регионах, где в XVII–XIX веках активно формировались казацкие и крестьянские фамилии на «-енко»: Полтавщина, Черниговщина, Харьковщина, Слобожанщина. В России, особенно в южных областях, фамилия встречается как след переселения украинских крестьян и казаков.

Интересно, что фамилия Изубенко практически не имеет параллельных форм в других славянских языках. Это редкий случай, когда прозвище не утратило своей яркой, почти грубой образности. В отличие от фамилий, восходящих к церковным именам (Иванов, Петров) или ремёслам (Кузнецов, Бондаренко), Изубенко хранит память о конкретном человеке — возможно, не самом мирном или невезучем, но точно не оставшемся незамеченным среди односельчан. В официальных документах XIX века встречаются варианты написания «Изюбенко» (под влиянием аканья) и «Изобенко», но основная форма с буквой «у» — Изубенко — наиболее верна с точки зрения этимологии.