Фамилия Кабимолдин — редкая и сложная для однозначной этимологии. Скорее всего, она имеет искусственное происхождение и образована в советский период, когда представителям малых народов или крестьянам при получении паспортов нередко давали фамилии по случайному принципу, либо на основе прозвища, звучащего экзотично. В основе может лежать прозвище Кабимолда, которое, в свою очередь, состоит из двух частей. Первая — «каби» — может быть искажением тюркского «кабы» (если) или частью арабского имени «Кабил» (сильный, могучий). Вторая часть — «молда» — в тюркских языках (казахском, киргизском, татарском) означает «мулла», грамотный человек, знаток Корана. Таким образом, прозвище могло означать «если мулла», «как мулла» или «могучий мулла» — ироничное или описательное имя для человека, который вёл себя важно, либо для сына муллы.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кабимолдин, то есть сын или потомок Кабимолды. Это характерно для фамилий, возникших у народов, входивших в состав Российской империи, где русская грамматика накладывалась на местные имена и прозвища. Аналогичные примеры: Абдуллин, Мухаметшин, Салимов. Однако здесь основа не стандартная арабско-тюркская, а составная, что говорит о её позднем и неканоническом появлении.

География фамилии узкая. Носители Кабимолдины встречаются преимущественно в Казахстане и, реже, в прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области). Это подтверждает тюркскую основу и связь с исламской культурой. Есть версия, что фамилия могла возникнуть в среде казахских или татарских крестьян, которым при коллективизации или переписи записали фамилию по прозвищу односельчанина.

В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин здесь не указывает на русское происхождение, а скорее на механическое приспособление к русской антропонимической системе. Внутри самой фамилии нет указания на сословие: она могла принадлежать и крестьянину, и ремесленнику. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя вряд ли был дворянином или духовным лицом высокого ранга — такие фамилии обычно имеют более прозрачную и стандартную структуру. Кабимолдин — пример того, как случайное сочетание слов в момент паспортизации закрепилось и стало родовым именем.