Фамилия Качиони — одна из тех, что сразу выдают нетипичную для славянского мира историю. Её греческое происхождение почти не вызывает сомнений, и главный маркер здесь — фамильный суффикс -они. В русской ономастике такой формант редок, зато в греческой среде (особенно в регионах Пелопоннеса и островной Греции) он обычен для фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или названий профессий.

Однако в греческом языке нет исконного звука «ч». Это наблюдение подсказывает, что основа фамилии могла быть заимствованной. Самая убедительная версия связывает корень Кач- с итальянским словом cacio — «сыр». В эпоху активных торговых и культурных контактов между греческими островами и итальянскими республиками (особенно Генуей и Венецией) такие заимствования проникали в быт и прозвища. Соответственно, первому носителю фамилии — или его предку — могли дать прозвище «сыродел», которое и закрепилось в форме Качиони.

Самый известный человек с этой фамилией — Ламбро Качиони (в греческом варианте Ламброс Кацонис, 1752–1805). Грек по происхождению, он поступил на русскую военную службу и стал инициатором создания «каперской» флотилии на Средиземноморье. Во время русско-турецкой войны 1787–1791 годов его корабли долгое время терроризировали морские коммуникации Османской империи. Личность эта настолько яркая, что нередко именно с ней связывают всю фамилию, но на деле Качиони — не единичный случай. В Российскую империю носители этой фамилии попадали в основном в XVIII–XIX веках: это были купцы и ремесленники, которые в поисках заработка проникали вглубь страны, оседая в Новороссии, Крыму и южных губерниях.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Суффикс -они не даёт ей «славянизироваться» — она так и осталась греческой по форме, в отличие от многих переселенческих фамилий, которые обрастали русскими окончаниями (-ов, -ин). Это говорит о том, что носители либо долго сохраняли замкнутую общину, либо фамилия закрепилась в письменных источниках уже в готовом виде и не переоформлялась.