Фамилия Качлишвили — характерный пример грузинской модели фамилии с суффиксом -швили, что по-грузински значит «сын» или «дитя». Этот суффикс один из самых распространённых в восточной Грузии, особенно в Кахетии и Картли. Он указывает на происхождение от отца или основателя рода: Качлишвили буквально означает «сын Качли» или «из дома Качли».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Качли. В грузинском языке слово «качли» (качли) может быть связано с прилагательным «кацли» — «крепкий», «сильный», «здоровый». Не исключено, что прозвище дали физически развитому человеку, силачу. Другая версия возводит основу к диалектному «качо» — так в некоторых регионах Грузии называли молодого мужчину, парня. В этом случае Качли — уменьшительно-ласкательная форма, примерно как «парнишка», «молодец».

Фамилия Качлишвили не относится к древней аристократии (княжеским родам с суффиксами -дзе или -ули/-ури), а скорее к крестьянскому или мещанскому сословию. Суффикс -швили в исторической Грузии носили в основном свободные земледельцы, ремесленники и горожане. В метрических книгах и переписях XIX века фамилия встречается в Кахетии, в частности в Телавском и Сигнахском уездах.

В русскоязычной среде фамилию часто искажают ударением: правильный грузинский вариант — Качлишв́или с ударением на второй слог, но в русском быту нередко говорят Качлишв́или с ударением на третий. Это естественная адаптация, но для точного звучания стоит помнить грузинский акцент.

Известных носителей за пределами Грузии немного, что неудивительно: фамилия довольно редкая. В самой Грузии её можно встретить в сёлах Ахметского и Гурджаанского муниципалитетов. Родственные фамилии того же корня — Качлидзе (с суффиксом -дзе, более характерным для западной Грузии) и Качлава (с окончанием -ава, типичным для Мегрелии). Качлишвили же остаётся восточно-грузинским вариантом с ясной прозрачной семантикой.