Фамилия Качусовы — типичная русская фамилия, образованная от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Качус, и у него есть несколько версий происхождения. Самая вероятная связана с татарским глаголом «качу» — «убегать, скрываться». Если так, то Качусом могли прозвать человека, который совершил неблаговидный поступок и скрывался, или того, кто вообще отличался скрытным, уклончивым характером.

Другая версия отталкивается от диалектных слов. В вологодских говорах «качура» означала меру хлеба или овса, а в тверских — рослого, крупного человека. Прозвище могло привязаться к крестьянину по внешнему признаку или по роду занятий, связанному с измерением зерна. Есть и географическая гипотеза: Качус — это искажённое название реки Кочус в Архангельской области. Тогда прозвище получил человек, живший на её берегу. Само название реки, скорее всего, шорского происхождения, от слова «коче» — «медленно», что указывало на спокойное течение.

Менее убедительна версия о турецком слове «kac» («сколько») — она выглядит натянутой, так как прозвища редко образуются от вопросительных слов без дополнительного контекста. Вероятнее всего, Качус — либо прозвище по поступку, либо диалектное или топонимическое имя.

Фамилия оформлена стандартным патронимическим суффиксом -ов, который присоединялся к прозвищам, оканчивающимся на твёрдый согласный. Такой тип фамилий был самым распространённым на севере и в центральной России, что согласуется с вологодскими, тверскими и архангельскими корнями прозвища. О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс её закрепления шёл несколько столетий, но ясно, что Качусовы — одна из тех фамилий, которые хранят память о прозвище, данном предку по его поведению, внешности или месту жительства.