Фамилия Кафтёнкина — это женская форма фамилии Кафтёнкин, и её происхождение стоит рассматривать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Кафтёнок. Суффикс -ёнок (в диалектном произношении — -ёнок) в русских фамилиях типичен для северных и северо-западных регионов, особенно для Новгородской и Псковской земель, а также для Сибири, куда переселенцы принесли эту модель. Он указывал на «младшего» или «сына»: Кафтёнок — буквально «маленький Кафта» или «сын Кафты». Сама же основа, скорее всего, восходит к слову «кафтан» — старинной верхней одежде. В таком случае прозвище Кафта могли дать человеку, который шил кафтаны, торговал ими или просто носил характерный кафтан, выделявший его среди других.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «кафтать» (в некоторых говорах — «говорить невнятно, картавить»). Если это так, то прозвище Кафта могло относиться к человеку с особенностями речи. Однако одежная версия выглядит убедительнее, поскольку прозвища по роду занятий и предметам быта в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем по дефектам произношения.

Фамилия Кафтёнкин (и Кафтёнкина) — редкая. Она не входит в списки массовых русских фамилий, что говорит о её локальном происхождении, возможно, из одной или нескольких крестьянских семей. Встречается она в основном в центральной России и Поволжье, куда модель на -ёнок могла быть занесена переселенцами с севера. Интересно, что ударение в фамилии падает на второй слог (Кафтёнкина), что соответствует типичному произношению суффикса -ёнок. В написании иногда путают с фамилией Кафтанкина — более распространённым вариантом, где суффикс -к- указывает не на «сына», а на принадлежность к роду Кафтанкиных, что меняет смысл. Таким образом, Кафтёнкина — это фамилия, которая прямо говорит о предке: его звали Кафтёнок, и он, вероятно, имел отношение к кафтанам — либо как мастер, либо как человек, получивший прозвище по этой приметной детали одежды.