Фамилия Кафян — яркий пример того, как географическое название может стать родовым именем. Её основа — топоним Каффа или Кафа: так в средневековых итальянских источниках называли город Феодосию в Крыму (современная Кафа). Выходец из этого города получал прозвище Кафянин или Кафа, а в армянской среде оно превратилось в фамилию с типичным окончанием -ян (суффикс принадлежности, буквально «из рода Кафы»). Таким образом, Кафян — это «тот, кто родом из Кафы».

Фамилия указывает на армянское происхождение: суффикс -ян (а в старой орфографии — -янц) характерен для армянской ономастики и означает «из семьи» или «принадлежащий». Носители фамилии Кафян — потомки армян, живших в генуэзской колонии Кафа (XIII–XV века) или переселившихся оттуда в другие регионы. После захвата Кафы османами в 1475 году многие армяне мигрировали на север, в Подолию, Галичину, а позже — на Дон и Кубань, поэтому фамилия встречается в армянских диаспорах Украины, России и Закавказья.

В русском языке фамилия закрепилась без изменений, хотя в документах XIX века могла писаться как Кафьянц или Кафянц — с сохранением армянского суффикса -янц. Позже окончание упростилось до -ян, как у большинства армянских фамилий в России. Родственные фамилии — Кафанов, Кафаров — встречаются реже и могли возникнуть при русификации (замена -ян на -ов) или от тюркского имени Кафар.

Важно: фамилия Кафян не связана с армянским словом «каф» (ароматный напиток) или тюркским «каф» (клетка, темница). Единственная убедительная версия — связь с городом Кафа, что подтверждается и историческими документами: в переписях армянских общин Речи Посполитой XVII века не раз упоминаются «Кафяне» — выходцы из Крыма.