Фамилия Кагагодский — редкая и с трудом поддающаяся однозначному толкованию. Её основа «Кагагод» не встречается в современных русских говорах как нарицательное слово. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная по географическому принципу: от названия населённого пункта с корнем «Кага-». В таком случае суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, либо на то, что предок был выходцем из этого места. По этой модели возникли, например, фамилии Трубецкой (от Трубеж) или Вяземский (от Вязьма).

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с белорусским или украинским топонимом. На карте есть несколько деревень с похожими названиями: Кагановичи (в Гомельской области Беларуси), Кагановка (в Житомирской области Украины) или Каганы (в Львовской области). Возможно, существовало село Кагагод или Кагагодь, от названия которого и пошла фамилия. Корень «Кага-» может восходить к тюркскому «каган» (верховный правитель, хан) — такое имя или прозвище мог получить человек, обладавший властным характером, или же переселенец из регионов, где сохранилась память о хазарском каганате.

Менее вероятно, но не исключено, что «Кагагод» — это переосмысленная форма прозвища от глагола «кагать» (в некоторых диалектах — кричать, каркать, подобно вороне) или от древнерусского «гага» (птица, гагара). В таком случае суффикс -ск- мог появиться позже, в среде духовенства, где фамилии часто давали по месту службы или по приходу, искусственно облагораживая просторечные основы.

Известных носителей фамилии Кагагодский в широких источниках не зафиксировано. Это говорит о том, что фамилия осталась локальной, не вышла за пределы одного-двух уездов или волостей. По сословной принадлежности предки Кагагодских, скорее всего, были либо мещанами, либо однодворцами (государственными крестьянами южных губерний), реже — выходцами из мелкопоместной шляхты, которая после разделов Речи Посполитой перешла в податное сословие.