Фамилия Каипбергенов — редкий пример сложения двух имён в одну фамилию, причём оба корня — восточного происхождения. Она образована по русской модели с суффиксом -ов, но основа явно восходит к тюркскому или арабо-тюркскому имени Каипберген. Если разобрать её на части, получится: Каип (арабское имя, означающее «скрытый», «невидимый», один из эпитетов Аллаха) и Берген — тюркский компонент, означающий «дал», «дарованный». В сумме имя Каипберген можно истолковать как «дарованный скрытым» или «дар невидимого», то есть ребёнок, данный Богом (Аллахом). Такие составные имена характерны для каракалпакской, казахской, отчасти башкирской и татарской традиций, где к имени добавляли частицу «берген» (дал) или «кул» (раб).

Сама фамилия Каипбергенов — типичная патронимическая форма: «сын Каипбергена». Она могла возникнуть в среде оседлых тюркских народов, которые в XIX–XX веках активно перенимали русскую модель фамилий. Географически фамилия почти наверняка привязана к Каракалпакстану: именно там имя Каипберген встречается чаще всего, и там же живёт известный носитель — каракалпакский писатель и поэт Тлепберген Каипбергенов (1929–2010), чьё имя закрепило фамилию в культурной памяти. В русских или украинских губерниях эта фамилия практически не встречается — это маркер ареала расселения каракалпаков, а также казахов и башкир.

Интересно, что фамилия сохранила имя в почти неизменном виде, без редукции или обрусения. В тюркских языках ударение обычно падает на последний слог, но в русском произношении оно сместилось на третий с конца: Каипбе́ргенов. Это показывает, как фамилия адаптировалась к русской фонетике, не потеряв при этом своей структуры. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Каипов, Бергенов, Каипбердиев — то Каипбергенов выделяется двусоставностью и более поздним происхождением: такие сложные имена давали детям в XIX веке, когда традиция «имен-пожеланий» была ещё сильна.