Фамилия Какаджанова — редкий случай, когда основа фамилии прозрачна для носителей тюркских языков, но почти нечитаема для русского уха. Это женская форма фамилии Какаджанов, и её разбор стоит начать с корня, а не с суффикса, потому что именно в корне скрыта ключевая загадка.

Основа «Какаджан» — сложносоставное имя или прозвище, типичное для тюрко-персидского ономастикона Средней Азии. Первая часть, «Кака», в тюркских языках (особенно в туркменском и узбекском) означает «старший брат», «уважаемый родственник» или просто обращение к старшему мужчине. Вторая часть, «джан» (от персидского جان — «душа», «жизнь»), — один из самых распространённых ласкательных компонентов в восточных именах. Соединяясь, «Какаджан» даёт значение вроде «братец-душа» или «уважаемый и любимый, как брат». Это не имя в строгом смысле, а скорее почтительное и тёплое прозвище, которое могло закрепиться за человеком в быту.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе добавили суффикс -ов, что характерно для многих народов, вошедших в состав Российской империи. Таким образом, Какаджанов — это «сын (или потомок) Какаджана». Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, — крестьяне или ремесленники из Средней Азии, поскольку сложные имена с компонентом «джан» были широко распространены в народной среде, а не только в аристократии.

Географически фамилия тяготеет к Туркменистану, Узбекистану и, в меньшей степени, к Таджикистану. В России она встречается редко, почти исключительно в семьях, переехавших из этих регионов. Путать её с похожими по звучанию русскими фамилиями (например, Какаев) не стоит — они имеют совершенно разную этимологию: Какаев восходит к тюркскому «кака» (отец, дед) или к имени Кака, а в основе Какаджанова лежит именно парное имя-обращение.