Фамилия Каклюхина — женская форма фамилии Каклюхин, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. Основа «какл-» не встречается в распространённых русских именах или названиях ремёсел, поэтому здесь стоит присмотреться к суффиксальной модели. Фамилия образована с помощью суффикса -ин, что типично для фамилий от основ на -а, -я. В мужском варианте Каклюхин — это притяжательное прилагательное: «чей?» — Каклюхин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Каклюха.

Само прозвище Каклюха — ключ к разгадке. Скорее всего, оно связано с диалектным глаголом «каклять» или «каклюкать», который в некоторых говорах означал «шататься», «болтаться без дела», «качаться». В таком случае Каклюхой в народе могли прозвать неуклюжего, медлительного или нерешительного человека. В словаре Владимира Даля есть слово «каклюка» — «клюка, костыль, посох с загнутым верхом», но более вероятно, что прозвище возникло от глагольной формы, описывающей походку или поведение.

Менее распространённая версия — связь с тюркскими корнями, где «каклы» могло означать «сухой» или «высохший», но для центральных русских регионов, где фамилия встречается чаще (Забайкалье, Сибирь, Урал), более правдоподобно местное диалектное происхождение. Фамилия Каклюхин не относится к дворянским или купеческим — скорее всего, её носили крестьяне или казаки, у которых прозвища были особенно живучими.

В написании фамилии стоит обратить внимание на сохранение буквы «к» в корне: в некоторых говорах могло произойти озвончение («Гаклюхин»), но письменная форма закрепилась с глухим звуком. Сегодня фамилия редкая, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких родственных гнёзд.