Фамилия Какохо — редкий случай, когда основа не поддаётся уверенной славянской этимологии. В русском языке нет корня «какох-» с очевидным значением, и слово не складывается в прозвище от профессии или внешности. Это сразу указывает на иноязычное происхождение, скорее всего, из языков Кавказа или тюркской группы.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с адыгскими (черкесскими) языками. В адыгейском и кабардино-черкесском есть основа «кIэко» или «кхъэко», означающая «младший сын» или «маленький» (от «кIэ» — младший, «ко» — сын). Русская передача через «Какохо» могла закрепиться при записи фамилии в документах XIX — начала XX века, когда адыгские звуки передавали на слух, без строгой фонетической точности. Тогда фамилия означала бы «сын младшего» или просто «младший» — типичное для горских народов именование по старшинству в роду.

Менее убедительна гипотеза о тюркском следе. В некоторых тюркских наречиях «кака» или «како» — детское слово для старшего брата или отца (ср. «ага»). Но суффикс «-хо» нехарактерен для тюркских фамилий, где чаще встречаются «-оглу», «-заде» или русские окончания. Поэтому кавказское объяснение правдоподобнее.

Фамилия не входит в списки столбового дворянства и не встречается в старых московских боярских книгах. Её география сегодня — юг России: Краснодарский край, Адыгея, Ставрополье, а также Абхазия. Носители Какохо — потомки горских народов, чьи предки получили фамилию по прозвищу, которое со временем застыло в русском написании. Словообразовательная модель здесь не славянская (нет суффиксов -ов, -ин, -ский), а прямая транслитерация исходного имени или прозвища.