Фамилия Кактыньш — редкий случай в русском ономастиконе: она не славянского, а латышского корня. В основе лежит латышское слово kaktīņš, которое переводится как «укромный уголок, закоулок», «глухое, удалённое место», а также «(семейное) гнёздышко». Прозвище Кактыньш, от которого пошла фамилия, могли дать человеку, жившему в уединении, в труднодоступной глуши, или домоседу, не покидавшему своего «гнезда». Такая характеристика могла закрепиться за крестьянином из хутора, отрезанного от больших дорог, или за человеком замкнутого, нелюдимого нрава.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -iņš в латышском языке — уменьшительно-ласкательный, как русские -ик или -ек. Без него основа kakts («угол») дала бы фамилию Кактс, но именно ласкательная форма Кактыньш указывает на тёплое, бытовое прозвище, а не на холодное географическое название. Фамилия сохранилась в неизменном виде, без добавления русских суффиксов -ов или -ин, что говорит о её позднем вхождении в русскую среду, скорее всего, в XIX–XX веках, при миграциях из Латвии.

Существует и менее вероятная версия: связь с литовским словом kakta — «лоб». Тогда прозвище Кактыньш могло указывать на внешние особенности предка: большую голову или широкий, выпуклый лоб. Однако литовская версия слабее, потому что суффикс -iņš типичен именно для латышского языка, а в литовском ему соответствовал бы -utis или -elis. К тому же в латышском есть прямое слово kaktīņš с тем же значением, что делает этимологию «уголок» основной и не требующей натяжек.

Географически фамилия Кактыньш привязана к Латгалии и прилегающим районам Псковской области, где исторически жили латгальцы. В русских метрических книгах конца XIX века она встречается у крестьян, реже — у мещан. Сословный состав типичен для фамилий балтийского происхождения: носители — в основном сельские жители, потомки латышских и латгальских крестьян, которые после отмены крепостного права получали фамилии по прозвищам.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Кактыньш), но склоняется, если речь о женщине (Анны Кактыньш). Ударение, судя по латышскому оригиналу, падает на первый слог: Кáктыньш.