Фамилия Калифицкий — одна из тех, что выбивается из общего ряда типичных русских фамилий. Её необычный корень и суффикс сразу выдают искусственное, книжное происхождение. Скорее всего, она появилась не в крестьянской или купеческой среде, а в среде духовенства, где фамилии часто придумывали нарочито, давая будущим священникам звучные и редкие именования.

Наиболее вероятная версия возводит основу фамилии к латинскому слову Callifae — «Каллифы». Так в древности назывался город в италийской области Самний. Сегодня этот населённый пункт известен как Кальвизи. Семинаристы, изучавшие латынь и античную историю, могли взять это название за основу для фамилии, добавив к ней типичный фамильный суффикс -ицк-. Модель образования здесь та же, что и у фамилий вроде «Афинский» или «Римский» — по названию города.

Существует и другая версия, связывающая фамилию с титулом «калиф» (или «халиф») — высшим титулом у мусульман. Содержание этого титула в разные эпохи менялось: у Омейядов и Аббасидов калиф — наследственный правитель с неограниченной духовной и светской властью; у хариджитов — выборный лидер, ограниченный волей общины; в Египетском султанате халифы были лишь духовными главами, оставив светское управление султанам. Сам титул был упразднён в 1924 году вместе с Османским халифатом. Однако эта версия менее правдоподобна: прямое заимствование восточного титула для фамилии русского священника — случай редкий, тогда как античная латинская топонимика была для семинарских фамилий привычным источником вдохновения.

Фамилия Калифицкий — памятник русской культуры, но её точное происхождение и время появления можно установить только через глубокие генеалогические изыскания.