Фамилия Калиганов образована от прозвища Калиган, которое, скорее всего, связано с ремеслом или особенностью обуви. В основе лежит слово «калига» — так в старину называли грубую кожаную обувь, наподобие поршней или постолов, которую носили крестьяне, а также монахи или странники. Калиганом могли прозвать человека, который шил такую обувь, или того, кто постоянно ходил в стоптанных калигах, то есть бедного, небогатого крестьянина. В словаре Владимира Даля «калига» зафиксирована как «обувь из сырой кожи, стянутая ремешком», что указывает на её простоту и дешевизну.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую модель образования: Калиганов — буквально «сын Калигана» или «из рода Калигана». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку прозвище связано с низовым бытом. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, где было развито кожевенное ремесло — например, в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях. В переписных книгах XVII–XVIII веков могли фиксировать крестьян с прозвищем Калиган, но массовое закрепление фамилии произошло позже, после отмены крепостного права.

Интересная деталь: в некоторых говорах «калига» имела и переносное значение — так называли нерасторопного, медлительного человека (как в выражении «калигу надел»). Поэтому не исключено, что прозвище могло относиться к характеру, а не к роду занятий. Однако связь с обувью — версия более надёжная, поскольку в ономастике фамилии от названий ремёсел и предметов быта встречаются гораздо чаще, чем от редких диалектных характеристик. Однофамильцы Калигановы могут иметь общее происхождение из одного уезда, но единого родоначальника у фамилии нет — она возникала независимо в разных местах.