Фамилия Каликанова при первом взгляде кажется типично русской по форме — суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Однако её основа ведёт не в славянскую, а в армянскую среду. В основе фамилии лежит имя Каликян, которое в переводе с армянского означает «временный». Такое имя могли дать по разным причинам: например, ребёнку, родившемуся в трудный период, или в знак того, что жизнь быстротечна.

Есть и вторая версия, связывающая фамилию с тюркскими корнями. Если разобрать слово kalik (в значении «оставшийся») и an («мгновение»), то прозвище могло означать «тот, кто остался на мгновение» — возможно, так называли пришлого человека или гостя, который не задерживался надолго.

Третья гипотеза — от нарицательного «каликан», обозначающего род североамериканских кустарников. Она выглядит наименее правдоподобной: во-первых, растение не было известно в тех местах, где формировались фамилии с такой основой, а во-вторых, прозвища по экзотическим кустарникам в крестьянской среде почти не встречаются.

По суффиксу фамилия относится к патронимическим: Каликанов — сын Каликана, а Каликан, в свою очередь, русифицированная форма исходного имени Каликян. Со временем, когда носители переходили на русский язык и документы оформлялись по русским стандартам, окончание -ян заменили на -ов, что и дало современное звучание.