Фамилия Калиненков — одна из тех, где суффикс -енков выдает географию бытования с головой. Это типичный «восточный» вариант: модель на -енков характерна для южных и восточных областей России, прежде всего для Рязанщины, Тамбовщины, Воронежья, а также для территории современной Украины, где фамилии на -енко массово переделывали под русские стандарты. То есть Калиненков — это русифицированная форма украинской фамилии Калиненко или Калинченко.

Основа фамилии — имя Калина. В русской традиции это не столько растение, сколько народная форма канонического имени Каллиник (от греческого «добрый победитель»). Имя было распространено у крестьян и мещан, особенно в южнорусских губерниях. В быту оно звучало как Калина, а уменьшительное — Калинка. Отсюда и пошла цепочка: Калина → Калиненко (сын Калины) → Калиненков.

Есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «калина» могла быть прозвищем человека с красным, румяным лицом (по цвету ягод). Но это скорее народная этимология: имя Калина в качестве прозвища встречается реже, чем в роли крестильного.

Примечательная деталь: двойное «н» в фамилии — не опечатка и не случайность. В украинском варианте суффикс -енк- давал одну «н», а при адаптации к русским фамилиям на -ов суффикс -енков часто писали с одной «н» — Калиненков. Но встречается и написание Калинников (от имени Калинник), что иногда путают. Калиненков же — более редкая форма, указывающая на конкретную ветвь рода, где имя Калина было в ходу.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская. В списках однодворцев и государственных крестьян южных губерний XVIII–XIX веков такие фамилии встречаются сплошь и рядом. Дворянских родов с фамилией Калиненков не зафиксировано — это фамилия простого люда, у которого имя Калина было обычным делом.