Фамилия Калиненкова в своей основе восходит к мужскому имени Калина — это народная, разговорная форма церковного имени Каллиник. Имя Каллиник греческого происхождения: от слов kallos («красота») и nike («победа»), что в сумме означает «добрый победитель» или «победоносно-прекрасный». Такое имя было распространено в святцах, поэтому у фамилии, скорее всего, именно «именная» природа.

Менее вероятная версия связывает фамилию с растением — кустарником калиной. Согласно этой гипотезе, прозвище Калина мог получить человек, живший возле калиновой рощи или занимавшийся сбором ягод. Однако для фамилий на -енко и их производных типичнее образование от личного имени, а не от названия дерева.

Фамилия Калиненкова — женская форма, а её мужской вариант — Калиненков. В словообразовании видна украинская модель: сначала от имени Калина возникла фамилия Калиненко (с патронимическим суффиксом -енко, характерным для восточной Украины). Когда носители фамилии перебрались в великорусские земли, фамилию русифицировали, добавив типичный русский суффикс -ов. Так из Калиненко получился Калиненков, а от него — женская форма Калиненкова.

Таким образом, фамилия Калиненкова — это пример сложного, «двухслойного» образования: украинская основа, адаптированная русским окончанием. Предок по мужской линии, скорее всего, был человеком по имени Калина (в крещении — Каллиник), жившим на территории современной Украины или в южнорусских областях.