Фамилия Каллестинова — редкий случай, когда за основу взято не имя, не прозвище и не ремесло, а прилагательное, причём книжного происхождения. В её основе лежит слово «каллестиновый» — устаревшее название минерала, который современные минералоги называют каллистинитом или просто «кальцитом» в одной из его разновидностей. Корень восходит к греческому «kallos» (красота) и латинскому «stinus» (камень) — буквально «красивый камень». Такие фамилии, образованные от названий минералов и горных пород, в русской среде почти не встречаются; они скорее свойственны старообрядческой или купеческой среде, где ценили редкость и благозвучие.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, но здесь он стоит после основы на -ин, что создаёт необычную цепочку: Каллестин → Каллестинов. Первичной формой могло быть прозвище Каллестин — так могли назвать человека, добывавшего или продававшего этот камень, либо того, кто носил одежду «каллестинового» цвета (светло-серого с голубоватым отливом, как у минерала). Второй вариант: прозвище дали по внешности — «каллестиновый» означало «бледный», «прозрачно-светлый», что было заметной чертой.

Географически фамилия тяготеет к северным и уральским регионам — там, где в XIX веке добывали поделочные камни. В метрических книгах Пермской и Вятской губерний изредка встречаются Каллестиновы среди мастеровых горных заводов и приписных крестьян. Однако точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет — фамилия настолько редкая, что не попала в основные ономастические справочники.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Каллистов, Каллистратов) показывает, что Каллестинова стоит особняком: там основа — греческое имя Каллист (лучший), а здесь — минералогический термин. Вероятно, фамилия возникла как искусственное, «кабинетное» образование в среде горных инженеров или священников, интересовавшихся естественными науками. В любом случае, её значение прозрачно: предок имел отношение к «каллестиновому камню» — либо как профессионал, либо как человек, получивший прозвище по его цвету или свойству.