Фамилия Калмукашева — женская форма фамилии Калмукашев. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Калмука́шева. Фамилия тюркская, казахская по происхождению, что видно по её составу и географии распространения. Основа «Калмукаш» — это народная, обиходная форма личного имени Калмука (или Калмухан), где к полному имени добавили уменьшительно-ласкательный суффикс «-ш», характерный для казахской и других тюркских ономастик. Так, Калмукаш — это «Калмука» или «Калмухан» с ласковым оттенком.

Имя Калмука — составное. Первая часть «кал» восходит к древнетюркскому «кал-» в значении «оставаться, оставаться в живых»: такое имя давали ребёнку, который родился после смерти предыдущих детей, чтобы он «остался» и выжил. Вторая часть «мука» — это вариант имени Мухаммад, очень распространённого в исламском мире. Таким образом, Калмука — это «оставшийся (живым) Мухаммад» или «Мухаммад, который остался». Имя-оберег, которое должно было защитить ребёнка.

Фамилия образована по русской модели притяжательного прилагательного с суффиксом «-ев» (фонетический вариант «-ов» после мягкой основы). Это типичная история для многих тюркских фамилий, которые оформились в XIX–XX веках под влиянием русской административной системы. Суффикс «-ев» здесь не несёт этнической нагрузки, а лишь показывает принадлежность: «сын Калмукаша» или «из рода Калмукаша».

Встречается фамилия преимущественно в Казахстане, а также среди казахов, живущих в России (Астраханская, Оренбургская области). В русском написании возможен вариант Калмукашова, но форма с «-ев» закрепилась как нормативная, так как основа оканчивается на шипящий «ш». Носители фамилии — потомки человека по имени Калмукаш, который, судя по смыслу имени, родился в семье, где была высокая детская смертность, и получил имя-оберег.