Фамилия Калногузенко звучит настолько необычно, что первая мысль — перед нами что-то искусственное, позднее или канцелярское. Однако её разбор показывает типичную украинскую модель образования, просто с очень редкой и яркой основой.

Слово состоит из трёх частей. Корень «калн-» — это искажённое или диалектное «калган» (растение лапчатка прямостоячая, или калган-корень) либо «каленик» (калека, хромой). Вторая часть «-гуз-» восходит к украинскому «гуз» или «гузно» — зад, задняя часть тела, круп. Суффикс «-енко» — классический украинский патроним, указывающий на потомка («сын такого-то»). Выходит, что Калногуз — это прозвище, которое дали человеку с заметной особенностью осанки или фигуры: возможно, хромого (калека) с необычной походкой или того, кто носил что-то на спине (на «гузне»). Менее вероятно, но не исключено, что прозвище было связано с травой калганом, которую человек собирал или продавал, а «гуз» добавляло пренебрежительный или шутливый оттенок.

Подобные составные прозвища из двух корней (часто с бытовым или анатомическим смыслом) типичны для казацкой среды и для крестьянских фамилий Левобережной Украины XVII–XVIII веков. Фамилия Калногузенко почти наверняка происходит из Черниговской, Полтавской или Сумской областей — там чаще всего фиксировались фамилии на «-енко» с прозвищной основой. В реестрах запорожских казаков или в метрических книгах XIX века её могли записать и как Калногуз, и как Калногузенко, а при русификации иногда меняли окончание на «-ов», но исходная форма сохранилась.

В современной Украине фамилия встречается редко, но не исчезла полностью. Её носители — это прямые потомки человека, который в XVI–XVII веках получил прозвище за какую-то запоминающуюся черту, скорее всего, физическую. Никакого дворянского или высокого сословного происхождения здесь нет — это фамилия простого люда, что делает её особенно ценной как живое свидетельство народной ономастики.