Фамилия Калонгос звучит нехарактерно для русской ономастики, и это первое, что бросается в глаза. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский. Окончание -ос прямо указывает на греческое происхождение: так оформлено множество греческих фамилий (Пападопулос, Ангелопулос, Николаос). Скорее всего, перед нами фамилия греческого или греко-понтийского корня, которая могла попасть в Россию вместе с переселенцами из Малой Азии, Причерноморья или с греками, служившими в Российской империи.

Основа фамилии — «калон» — восходит к греческому καλός (kalós), что означает «красивый», «хороший», «добрый». В греческой антропонимике этот корень встречается часто: например, мужское имя Калос или фамилия Калогеропулос (сын доброго старца). Калонгос, вероятно, образована от прозвища Калос с добавлением патронимического суффикса -γκος (-ngos), который в греческом языке указывает на принадлежность («сын Калоса» или «из рода Калоса»). Таким образом, исходное значение фамилии — «сын красивого (доброго) человека» или «происходящий от Калоса».

В России носители фамилии Калонгос встречаются крайне редко. Основные очаги — южные регионы (Краснодарский край, Крым, Ростовская область), где исторически селились греки. Вторая волна появления фамилии в стране связана с эмиграцией из Турции после геноцида греков в начале XX века. Также небольшое число Калонгосов живет в Москве и Санкт-Петербурге — это потомки тех, кто перебрался в столицы в советское время.

В греческом языке фамилия сохранила исходное ударение на втором слоге — КалОнгос. В русском языке ударение часто смещается на последний слог (КалонгОс) или остается на месте, в зависимости от региона и привычек семьи. Склоняется она по правилам мужских фамилий на согласный: Калонгоса, Калонгосу, Калонгосом. Женский вариант не склоняется.

Однокоренных русских фамилий у Калонгоса нет, но можно провести параллель с другой греческой фамилией — Калогеров (от καλόγερος — «монах», буквально «добрый старец»). Если Калогеров указывает на занятие предка (монах), то Калонгос — на личное качество (красота, доброта) или имя. Обе фамилии объединяет корень καλός, но суффиксы расходятся.