Фамилия Калтуненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в основном на Левобережной и Слободской Украине, а затем закрепилась на юге России и Кубани. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно означал «сын» или «потомок», то есть Калтуненко — буквально «сын Калтуна».

Ключевой вопрос — что такое «Калтун». Самая вероятная версия ведет к диалектному слову «калтун» (или «ковтун»). В южнорусских и украинских говорах так называли колтун — спутанные, свалявшиеся волосы, которые в народной медицине считались либо болезнью, либо, наоборот, признаком особой силы. Прозвище Калтун могли дать человеку с неопрятной прической, либо, по суевериям, тому, кто якобы обладал магическими свойствами. Менее распространенная версия связывает основу с литовским kalti — «ковать», что сделало бы Калтуна прозвищем кузнеца, но для украинской среды это предположение слабое: фамилия почти не встречается в белорусских и литовских зонах.

Интересно, что фамилия Калтуненко не относится к числу массовых. Она редка и географически привязана в основном к Черкасской, Полтавской и Кировоградской областям Украины, а также к казачьим станицам Краснодарского края. Это наводит на мысль, что предки носителя фамилии были либо крестьянами, либо казаками — именно в этих сословиях украинская модель на -енко была преобладающей, в отличие от дворянских фамилий на -ский или -ович.

Таким образом, фамилия Калтуненко образована от прозвища Калтун (колтун) по отчественной модели «сын Калтуна». Она несет в себе следы народных верований и бытовой наблюдательности: предок, скорее всего, выделялся необычным видом волос или, по местным поверьям, имел репутацию знахаря, лечащего колтун.