Фамилия Каненгисер — редкий для России случай, когда основа ясна почти сразу, а происхождение не вызывает споров. Это фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) корня, сложенная из двух частей: «Канен» и «Гисер». Первая часть восходит к немецкому «Kanne» — кувшин, бидон; вторая — к «Gießer» — литейщик, тот, кто льет металл или жидкость. В сумме получается «литейщик кувшинов» или, точнее, «мастер, отливающий кувшины». Это ремесленное прозвище, которое закрепилось как фамилия.

Словообразовательная модель здесь не русская, а западноевропейская: типичное сложение двух корней без соединительной гласной, характерное для немецких фамилий (ср. Брандмайер, Зильбергисер). Суффикса, который бы указывал на принадлежность к роду (как -ов или -ин), в этой фамилии нет — она пришла в готовом виде, без переделки на русский лад. Поэтому по фамилии Каненгисер нельзя определить сословие предков: в Германии и среди еврейского населения такие профессиональные прозвища носили и ремесленники, и горожане, и арендаторы.

В России фамилия встречается крайне редко. Самый известный её носитель — Леонид Каненгисер, русский поэт и эсер, совершивший в 1918 году убийство председателя Петроградской ЧК Моисея Урицкого. Этот факт, хоть и биографический, намертво связал фамилию с историей Гражданской войны. Однако для подавляющего большинства носителей Каненгисер — просто наследие предков-ремесленников, которые, вероятно, жили в немецких колониях Поволжья, Прибалтике или в черте оседлости на западе Российской империи.

Никакой другой, более древней или славянской версии у этой фамилии нет: попытки вывести её из идиша или иврита, где «канен» якобы может означать «ревнитель», лингвистически слабы и не подтверждаются словарями. Фамилия говорит сама за себя — звоном металла и формой кувшина.