Фамилия Канофеева — женская форма, а её мужской вариант — Канофеев. В русской ономастике это редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Основная версия связывает её с диалектным или профессиональным прозвищем.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Канофеев — потомок человека по прозвищу Канофей. Само прозвище, скорее всего, восходит к слову «канофей» — так в некоторых русских говорах называли канарейку. В народной речи слово искажалось: «канарейка» превращалась в «канорейка», а оттуда — в «канофей». Прозвище Канофей могли дать либо человеку с тонким, звонким голосом, либо тому, кто держал или торговал певчими птицами. Такие прозвища по птицам (Соловей, Воробей, Чиж) в русской среде были обычны.

Вторая, менее вероятная версия — связь с греческим именем Канофей (от греч. κανών — «правило, норма»), но это имя в православных святцах не встречается и в быту было крайне редким. Поэтому версия с канарейкой выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Канофеев встречается в основном в центральной России, но не образует заметных гнёзд. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется — это говорит о её позднем оформлении, возможно, в крестьянской или мещанской среде XIX века, когда фамилии ещё не устоялись и могли записываться на слух. Встречаются варианты написания: Конофеев (с буквой «о» в первом слоге) — результат аканья, когда безударное «а» произносилось как «о», а на письме это иногда закреплялось.

Таким образом, Канофеева — фамилия-прозвище, скорее всего, от названия певчей птицы, данная предку за голос или занятие.